冻存细胞的RNA提取方法与新鲜细胞基本相同,但需要注意以下几点以确保RNA的完整性和纯度:
1. 样本解冻:从-80℃或液氮中取出冻存的细胞,迅速转移至冰上解冻。避免在室温下解冻,以防RNA降解。
2. 裂解:对于贴壁细胞,先用1x PBS清洗一次,然后加入1ml Trizol(每孔六孔板)或相应体积的Trizol(根据培养面积调整),吹打混匀,确保细胞完全裂解。对于悬浮细胞,直接加入Trizol,每5-10×10^6细胞加入1ml Trizol。
3. 氯仿处理:加入200μl氯仿(约Trizol体积的1/5),剧烈震荡15秒,室温静置5分钟,以便形成水相、有机相和中间层的分层。
4. 离心分层:4℃下以12000 rpm离心15分钟,分离成三层:无色透明的上层水相(含RNA),中间层(可能含DNA),和红色的下层有机相(含蛋白质)。
5. RNA沉淀:小心吸取上层水相,转移到新的RNase-free EP管中。加入等体积的异丙醇,轻轻颠倒混匀,使RNA沉淀。4℃下静置10-30分钟,然后12000 rpm离心10分钟,收集RNA沉淀。
6. 洗涤:弃去上清液,加入75%无水乙醇(DEPC水配制),轻轻颠倒混匀,4℃下7500 rpm离心5分钟。重复此步骤以去除杂质。
7. 干燥与溶解:彻底弃去乙醇,轻轻拍干EP管内壁,使RNA沉淀在空气中干燥5-10分钟,但不要完全干燥。加入适量DEPC水(30-100μl)溶解RNA沉淀,轻柔吹打混匀,使RNA充分溶解。
8. 纯度与浓度检测:使用紫外分光光度计测量RNA的浓度和纯度,理想的OD260/OD280比值应在1.8-2.2之间,OD260/OD230比值应在2以上,表明RNA质量良好。
9. 存储:将溶解后的RNA分装保存于-70℃或-80℃冰箱中,避免反复冻融,以保持RNA的稳定性和完整性。
注意事项:
1. 确保所有操作在无RNase的环境中进行,使用RNasefree的耗材和试剂。
2. 解冻和裂解步骤应快速进行,以减少RNA降解的风险。
3. 在处理过程中,避免引入气泡,以免影响后续的分层和RNA的纯化。
4. 对于特定类型的细胞或组织,可能需要调整Trizol的用量和裂解时间,以优化RNA的提取效率。
通过遵循这些步骤,可以有效地从冻存细胞中提取出高质量的总RNA,用于后续的分子生物学实验。